Studi approfonditi hanno permesso di identificare una perfetta proporzione matematica tra le parti del progetto originario. Ma questa precisione è offuscata dalla travagliata storia dell’edificio, che già nel settimo decennio del Quattrocento, appena dopo l’apertura del cantiere, vede un cambiamento di rotta dovuto al fatto che il Fancelli non segue, secondo il marchese di Mantova, il dettato dell’Alberti. Ricordiamo anche che l’Alberti medesimo pare riduca in corso d’opera l’altezza delle cappelle.