Echi del Pantheon romano sono chiaramente riconoscibili nell’edificio. Ma Leon Battista Alberti è custode di una raffinatezza stilistica senza pari. Le cappelle si aprono a sinistra, a destra e in fondo rispetto al quadrato centrale. Esse sono arricchite dalle superfici a semicerchio dei semicilindri absidali, che accentuano centralmente i relativi bracci della croce. Le cappelle creano archi di altezza minore rispetto a quelli che, unendosi, determinano l’aspetto generale dell’interno del Tempio. Tra ogni arco minore e ogni arco dell’abside si apre oggi una finestra circolare, che dà luce all’ambiente. Con ogni probabilità la concezione originaria non rispondeva a quello che oggi ammiriamo. Resta tuttavia visibile l’intenzione profonda, quasi una forma della forma.