La segunda de las policromías identificadas se ha fechado en las primeras décadas del siglo XVI, coincidiendo con la construcción del Hospital Real, tras la visita de los Reyes Católicos y con la primera intervención realizada en la fachada del Pórtico. Esta capa se identifica por el uso del pan de oro, de calidad algo inferior al de la primera policromía y la novedad del uso de la azurita en la sustitución del lapislázuli.