Topkapı Sarayı arazisini deniz yönünde sınırlayan surların üzerinde yer alan, “İncili Köşk” ve “Çayır Köşkü” olarak da anılan bu yapı Sadrazam Koca Sinan Paşa (ö.1596) tarafından 1589-1591 arasında inşa ettirilerek III. Murad’a (1574-1595) sunulmuştur. Köşkün mimarı olan Davud Ağa’nın (ö.1598) adı, surlardan taşan altyapının deniz cephesinde, iki kemer arasındaki küçük çeşmenin kitabesinde zikredilir. Kılıç Alayı sırasında Eyüp’e deniz yoluyla gidilecekse Padişah saltanat kayığına Sinan Paşa Köşkü’nden veya Yalı Köşkü’nden binerdi. Öte yandan, köşkün altında yer alan, Bizans dönemine ait Sotiros Ayazması, 1821’deki Yunan ayaklanmasına kadar her yıl yortu gününde Rum Ortodoks cemaatince ziyaret edilmekteydi. 1871’de demir yolunun inşa edilmesi sırasında yıktırılan yapıdan geriye kalanlar, surlara bitişen kemerli altyapıyla yapının deniz cephesindeki balkonu taşıyan konsollardan ibarettir. Altyapıya oturan orta kesiminde hünkâra mahsus oda, yan kanatlarda Afife Kadın Odası, Kethüda Kadın Odası, Dârüssaade Odası, Ağalar Odası, kahve ocağı ve helâlar yer almakta, orta mekânın kubbesinden, yapıya “İncili Köşk” denmesine sebep olan inci püsküllü bir askı sarkmaktaydı. Pîrî Reis (17. yüzyıl ortası), Grelot (1680 civarı) ve Scorella (1685) köşkün dik eğimli piramit biçiminde bir çatıyla örtülü olarak tasvir etmişlerdir. 18. yüzyılda deniz yönüne eklendiği anlaşılan ahşap çıkma Choiseul-Gouffier (18. yüzyıl sonu) ile Jouannin’in (19. yüzyıl başı) gravürlerinde ve Melling’in panoramasında seçiliyor. Muhtemelen çıkmanın eklenmesi sırasında piramidal külâh da yerini kubbeye terk etmiştir.