Der Johannesaltar knüpft in der Grunddisposition an den Miraflores-Altar an. Das Programm beginnt mit der Geburt und Namengebung Johannes des Täufers. Das Zentrum des Retabels bildet die Taufe Christi als das heilsgeschichtlich bedeutsamste Ereignis. Auf der dritten Tafel ist die Enthauptung Johannes des Täufers wiedergegeben. Im Gewände der gemalten Rahmen sind die Statuen der zwölf Apostel zu sehen. In den Archivolten finden sich Szenen aus dem Leben Christi und Johannes des Täufers, die die Hauptszenen weiter mit dem Heilsgeschehen verknüpfen.