Esta obra junto con el cuadro de la Virgen del Pilar, fueron realizadas por Goya tras su regreso de Italia. Pintadas para su familia de Fuendetodos, los Lucientes, son escenas e imágenes amables, aptas para una devoción sencilla y popular.
San Francisco Javier fue misionero de la Compañía de Jesús en la India y en Japón, este lienzo representa su muerte acaecida en las tierras de Asia Oriental. Está inspirada en un dibujo de Niccolo Bertuzzi, que el joven pintor tuvo ocasión de ver durante su formación pictórica en la Academia de Luzán en Zaragoza. Además en el Cuaderno Italiano existe un dibujo preparatorio para esta pintura, que nos muestra al santo yacente y no ligeramente incorporado como en la obra definitiva.