Tras los hechos ocurridos el 20 de julio de 1810 en la ciudad de Santafé, el virrey Amar y Borbón fue depuesto de su cargo y nombrado presidente de la Junta de Gobierno. Sin embargo, debido a los rumores de un posible contragolpe hacia los criollos, el 25 de julio fue obligado a abandonar la Nueva Granada junto a su esposa doña Francisca Villanova.