Museum terletak 3 meter di bawah halaman Tugu Nasional, sedangkan atap Museum terletak 5 meter di atas halaman Tugu. Luas ruangan 80 x 80 m dan tinggi langit-langit 8 m. Seluruh dinding, tiang dan lantai berlapis marmer. Pada keempat sisi dinding masing-masing terdapat 12 buah jendela kaca (diorama). Dari masing-masing jendela kaca itu dipertunjukan adegan-adegan peristiwa Sejarah Bangsa Indonesia diawali dengan gambaran kehidupan masyarakat Indonesia Purba sampai orde baru.