En el año 2013 se inauguró la nueva sala del Museo Naval de Cartagena para la instalación del Submarino Peral. El nuevo planteamiento museográfico busca recuperar diversos elementos perdidos de los que se disponen de documentación suficiente entre los que se encuentran la torre óptica, candeleros y plataformas, traga vientos, timones horizontales y anclajes y tapa y mecanismos exteriores de apertura del tubo lanzatorpedos.
En la planta baja del antiguo Cuartel de Esclavos y Presidiarios del Arsenal de Cartagena, edificio rehabilitado por la Universidad Politécnica de Cartagena, se encuentra la exposición permanente así como todos los servicios del Museo. Una segunda zona expositiva se localiza en las inmediaciones del anterior, en un antiguo taller del arsenal, edificado en la segunda mitad del siglo XIX relacionado con el empleo del hierro en la construcción naval.