Dengan dalih bahwa zending sering diganggu oleh pasukan Si Singamangaraja, Belanda mendapatkan kesempatan melakukan ekspedisi ke Tanah Batak, Tapanuli. Bentrokan pertama dengan Belanda terjadi pada tanggal 15 Februari 1878, setelah terlebih dahulu Si Singamangaraja menberi peringatan kepada pasukan Belanda supaya meninggalkan Tapanuli.
Perlawanan terhadap kolonialis Belanda ternyata mendapat bantuan dari rakyat Aceh dan Minangkabau. Penyerangan besar-besaran terhadap markas Belanda dengan bantuan rakyat kedua daerah tersebut dilakukan pada tahun 1887.