Il terzo chiostro, detto di San Benedetto, dal quale si accede al refettorio, è il più ampio e risale al 1508-1512. Il porticato è formato da trenta colonne; nell'intercolumnio sono ventisei minuscoli tondi con figure di santi. La decorazione pittorica di Giovanni Battista Merano e Tommaso Aldovrandini (dal 1682 al 1687) è stata gran parte cancellata dagli agenti atmosferici.