Il terzo chiostro, detto di San Benedetto, dal quale si giunge al refettorio, è il più grande e risale al 1508-1512. Il porticato è formato da trenta colonne; nell'intercolumnio vi sono ventisei piccoli tondi con figure di santi. In gran parte la decorazione di Giovanni Battista Merano e Tommaso Aldovrandini (dal 1682 al 1687) è stata cancellata dalle intemperie.