Árbol de los deseos para Bilbao es una obra participativa perteneciente a una serie que la artista inicia en 1996, cuyo origen se encuentra en una tradición japonesa que consiste en colgar oraciones de un arbusto, árbol o bambú. En esta obra, la artista invita a que los visitantes escriban sus deseos de “paz” y los cuelguen del árbol; posteriormente, estos mensajes se envían a la artista para integrarse en el proyecto Torre Imagina la paz (Imagine Peace Tower, 2007), instalación lumínica ubicada en la isla Viðey, en Reikiavik, creada por Ono en memoria del que fue su esposo, John Lennon (1940–1980). Diseñada como un pozo de los deseos, esta obra simboliza la lucha de Lennon y la militancia de Ono en pro de la paz mundial. En la instalación del Museo Guggenheim Bilbao se alternan períodos en los que los visitantes tienen la posibilidad de escribir sus deseos con otros en los que pueden susurrárselos al árbol. La artista ha creado distintas versiones de esta obra, que se hallan en distintos museos, como la Peggy Guggenheim Collection de Venecia, el Museo de Arte Contemporáneo de Tokio, el Hirshhorn Museum and Sculpture Garden de Washington D.C. y, ahora, el Museo Guggenheim Bilbao.