Auxerre – miasto i gmina we Francji, w regionie Burgundia-Franche-Comté, w departamencie Yonne.
Według danych na rok 1990 gminę zamieszkiwało 38 819 osób, a gęstość zaludnienia wynosiła 777 osób/km².
Auxerre to średniowieczne miasto. Usytuowane na wzgórzu tuż obok rzeki Yonne. Administracyjnie jest stolicą Dolnej Burgundii. Znajduje się 150 km na północny zachód od Dijon, stolicy całej Burgundii. Dwa razy odwiedziła je Joanna d’Arc na czele swojego wojska. Tutaj marszałek Ney przeszedł na stronę Napoleona w trakcie marszu Napoleona I na Paryż po ucieczce z Elby.
W Auxerre ostatnie lata życia spędził i dokonał żywota Maurycy Mochnacki, jeden z teoretyków polskiego romantyzmu, uczestnik i kronikarz powstania listopadowego.
Współcześnie miasto jest znane m.in. z klubu piłkarskiego AJ Auxerre.