Cristina de Dinamarca fue la segunda hija del rey Cristián II de Dinamarca, Noruega y Suecia, y de la infanta de España, Isabel de Austria, hermana del emperador Carlos V.
En 1523, hartos de su crueldad, los daneses y noruegos deponen al rey Cristián II y entronizan a su tío Federico. Entretanto, los suecos también deciden separase y proclaman rey a Gustavo Vasa. Con ello, la Unión de Kalmar dejaba de existir.
El rey y su familia deben huir y ponerse al amparo del emperador Carlos V. Cristina -de sólo 2 años-, su hermana mayor Dorotea -de 3 años- y su único hermano varón superviviente, Juan -de 5 años-, y sus padres se refugian en la corte de Malinas, al amparo de la tía de su madre, Margarita de Austria, gobernadora de los Países Bajos.
Tres años más tarde, el 19 de enero de 1526, muere su madre Isabel en la ciudad de Zwijnaerde, cerca de Gante, a los 24 años de edad.
Su padre, el depuesto rey, decide regresar a Dinamarca a recuperar lo perdido, dejando a sus hijos al cargo de su cuñado el emperador. Cristina no volvería a ver a su padre.