科隆戰爭，又稱總管戰爭，是1583年至1588年德意志科隆地區爆發的舊教和新教之間的戰爭，導致神聖羅馬帝國歷史上的一個教會公國——科隆選侯國變得滿目瘡痍。它發生在德意志宗教改革和隨後的反宗教改革背景下，同期發生的還有荷蘭起義和法國宗教戰爭。
這場衝突考驗了1555年《奧格斯堡和約》中所包含的「教會保留」原則。該原則排除或「保留」了神聖羅馬帝國的教會諸侯領地，使其不適用於「教隨君定」作為確定領土宗教的主要手段。相反，它規定了如果一位教長改信新教，那麼他應該辭職，而不是強迫他的臣民改信新教。1582年12月，科隆總主教-選帝侯、瓦爾德堡的總管格布哈特改宗新教，應依照教會保留原則辭職。然而，他卻宣布對其臣民實行宗教平權，並於1583年與曼斯費爾德-艾斯萊本的阿格內斯結婚，意欲將教會公國轉變為世俗的王朝公國。座堂聖職團的一個聖職派別遂推選出另一位總主教：巴伐利亞的恩斯特。
最初，科隆總主教的軍隊是為了爭奪部分領土的控制權而鬥爭。幾位持有選侯領地並負有封建義務的男爵和伯爵也同時持有荷蘭臨近省份的領地；例如西發利亞、列日以及南部，或西屬荷蘭。複雜的封邑制和王朝封地使得地方性的爭鬥迅速擴大，當中包括了來自普法茲選侯國、荷蘭、蘇格蘭和英格蘭的新教傭兵，以及來自巴伐利亞和教廷的舊教傭兵。1586年，衝突進一步擴大，舊教一方的西班牙軍隊和義大利傭兵直接介入，法國的亨利三世和英格蘭的伊莉莎白一世則為新教軍隊方面提供財政和外交支持。
這場衝突與1568至1648年的荷蘭起義同期發生，從而鼓動了荷蘭各起事的行省和西班牙人的參與。戰爭結局最後有利於天主教，鞏固了維特爾斯巴赫家族在德意志西北部地區的權威，並促進了萊茵河下游的天主教復興。重要的是，它也為外部干預德意志的宗教和王朝衝突開創了先例。