포르투갈의 마리아 마누엘라는 스페인의 국왕인 펠리페 2세의 왕비로 아비스가 출신이다.
1527년 10월 5일 포르투갈 코임브라에서 포르투갈의 주앙 3세 국왕과 그의 아내인 카탈리나 데 아우스트리아 왕비의 딸로 태어났다. 1527년부터 1535년까지는 포르투갈의 공주로 남아 있었다. 그의 형제로는 포르투갈의 세바스티앙 국왕의 아버지인 주앙 마누엘 왕자가 있다.
1543년 11월 12일 살라망카에서 펠리페 2세 국왕과 결혼했다. 1545년 7월 8일에는 바야돌리드에서 돈 카를로스 데 아우스트리아를 낳았지만 불과 4일 만에 출산 후유증에 의한 출혈로 인해 사망했다.