ג'וזף ג'ון תומסון, הידוע בכינוי ג'יי. ג'יי. תומסון, היה פיזיקאי אנגלי, מגלה האלקטרון וחתן פרס נובל לפיזיקה בשנת 1906.
תומסון נולד ב-1856 בצ'יטהאם היל שבאנגליה, להורים ממוצא סקוטי. למד הנדסה באוונס קולג' שבמנצ'סטר ועבר לטריניטי קולג' שבאוניברסיטת קיימברידג'. בשנת 1884 מונה למנהל מעבדת קוונדיש בקיימברידג' ושימש בתפקיד זה עד 1918. אחד מתלמידיו היה ארנסט רתרפורד שהחליפו בתפקיד.
תומסון הושפע מעבודותיהם של ג'יימס קלרק מקסוול ווילהלם רנטגן בנושא קרני רנטגן. הוא הסיק כי הקרינה הנפלטת מקתודה מורכבת מחלקיקים טעונים מטען שלילי, להם קרא "גופיפים", שהיום ידועים כאלקטרונים. קדם לו ג'. ג'ונסון סטוני שהעלה השערה בדבר קיומו של האלקטרון כיחידת מידה באלקטרוכימיה, אבל תומסון שיער שהאלקטרון הוא חלקיק תת-אטומי, הראשון שנתגלה. תגליתו התפרסמה ב-1897 ועוררה התרגשות בקהילייה המדעית, והובילה בסופו של דבר לזכייתו בפרס נובל לפיזיקה בשנת 1906. למרבה האירוניה, בנו, סר ג'ורג' פג'ט תומסון, זכה בפרס נובל לפיזיקה בשנת 1937 על תגליתו שהאלקטרון הוא גם גל.
על סִפּה של מלחמת העולם הראשונה היה תומסון אחראי לתגלית אחרת, אשר היוותה פריצת דרך נוספת, קיומם של איזוטופים שונים של אותו יסוד.
בשנים 1915–1920 כיהן כנשיא החברה המלכותית. בשנת 1918 מונה למנהל טריניטי קולג' שבקיימברידג' ושימש בתפקיד עד מותו ב-1940.