明治の初め、西洋化・近代化を進めようという風潮の中で、日本の伝統的な文化が軽んじられ、古いもの、寺社仏閣の宝物などが破壊や散逸の危険にさらされました。明治22年（1889）、そうした文化財を保護するため、東京・京都・奈良に国立の博物館を設立することが定められ、当館は明治30年（1897）に「帝国京都博物館」として開館しました。
平成26年に開館した平成知新館では、館蔵品・寄託品約12,500件のなかから、陶磁・考古・絵画・彫刻・書跡・染織・金工・漆工など様々な分野にわたる美術品・文化財を展示しています。