O Museu do Cerrado tem como missão ser um centro de referência nacional sobre o Sistema Biogeográfico do Cerrado para divulgar e preservar os conhecimentos científicos e os saberes e os fazeres populares acerca da sociobiodiversidade do Cerrado, contribuindo para a formação de profissionais e cidadãos comprometidos com a cultura do cuidado e da sustentabilidade do Cerrado.