Com mais de 125 anos de existência este Museu constituiu-se na instituição de referência da Arqueologia Portuguesa, com correspondência regular com museus, universidades e centros de investigação em todo o Mundo. O seu acervo reúne, desde o momento da sua criação, as coleções recolhidas pelo seu fundador, José Leite de Vasconcelos, mas também de Estácio da Veiga, relativas ao Algarve, além das bens culturais recolhidos, pela oitocentista Sociedade Arqueológica Lusitana, nas escavações de Troia (Grândola).

A estas somaram-se numerosas outras, umas por integração a partir de outros departamentos do Estado (por exemplo: coleções de arqueologia da antiga Casa Real Portuguesa, incorporadas no Museu após a implantação da República; coleções de arqueologia do antigo Museu de Belas Artes, transferidas quando se criou o atual Museu Nacional de Arte Antiga; etc.), outras por doação ou legado de colecionadores e amigos do Museu (por exemplo: doações Bustorff Silva, Luís Bramão, Samuel Levy, etc.), outras mercê da intensa atividade de campo das equipas do próprio Museu ou de arqueólogos; outras, ainda, por despachos governamentais, ao abrigo da legislação aplicável, sempre que se considera o valor nacional de bens arqueológicos descobertos em Portugal.