En Antoniana Margarita opus nempe Physicis, Medicis, ac Theologis, Gómez Pereira enuncia nuevas teorías filosóficas, precursoras de las que más adelante difundirá Descartes en sus obras. Quizá la teoría más conocida de las recogidas en esta obra sea la del automatismo de las bestias, base de la moderna fisiología, que defiende que los animales no tienen ni alma “racional”, ni “sensitiva”.