A la derecha del Retablo Mayor se encuentra el acceso al Museo Parroquial de Pastrana que consta de la Sala de Tapices, la Sala 2 y la Sala Capitular. La enorme influencia de algunos de los personajes que habitaron en Pastrana durante el Renacimiento y el Barroco, hizo posible que gracias al mecenazgo y a donaciones, la colegiata conserve un sinfín de utensilios litúrgicos, pinturas y esculturas que son verdaderas joyas. De todo ello, son los tapices de la colección de Alfonso V de Portugal los que justamente gozan de fama internacional. Los tapices de Pastrana constituyen uno de los tesoros más representativos del arte del tapiz medieval gótico flamenco del siglo XV.