Fernando Caicedo y Flórez (1756-1832), natural de Suaita, Santander, estaba vinculado al Rosario por su familia, en la cual figuran varios rectores. Ingresó al Colegio en 1763, en calidad de colegial porcionista. Obtuvo los títulos, en 1776, de bachiller en Filosofía, bachiller, licenciado y doctor en Teología.
Fue vicerrector en 1779 y 1782; desde 1783 y hasta 1799 fue catedrático de vísperas de Sagrada teología, luego entre 1794 y 97; rector para los periodos 1793-96 y 1799-1802. Trasladó los restos del Fundador y los del rector Miguel José Masústegui a la capilla de La Bordadita. Elegido rector por tercera vez, en 1807, no aceptó por estar ocupado en la refacción de la Catedral.
En 1813, integró el Colegio Electoral y Revisor que proclamó la independencia absoluta de Cundinamarca. Por orden de Morillo, fue preso en el convento de San Francisco y luego enviado a Cádiz. Estuvo recluido, pues, todo el proceso de la Independencia, entre 1816 y 20.
Elegido arzobispo de Bogotá (1827-32), fue el primero de la época republicana.