Ocupando, ao que tudo indica, uma parte da primitiva igreja, provavelmente a sua capela-mor, transformado em Sala do Capítulo na campanha de obras de D. João III (r. 1521-1557), o espaço do Coro-baixo veio a adquirir uma função funerária, pois era aqui que se colocavam os corpos das religiosas para serem velados, antes de se proceder ao seu enterro no claustro. Ecos desta utilização são os dois retábulos de talha dourada iniciados no reinado de D. João V (r. 1706-1750) e concluídos no de D. José I (r. 1750-1777), colocados nas paredes laterais, confrontantes, dedicados à Senhora da Boa Morte e ao Crucificado. Assim, constata-se um ritmo dinâmico na organização de todos os elementos, primeiro descendente (Calvário – Cristo Morto) e depois ascendente (Dormição – Assunção da Virgem), do qual participaria, ao centro, o corpo da religiosa, representando a redenção dos pecados pela morte de Cristo e a Salvação pela intercessão de Maria, a Madre de Deus. O altar fundeiro e as pinturas parietais, datadas dos séculos XVII e XVIII, não faziam originalmente parte deste espaço, tendo sido adaptadas às molduras existentes na segunda fase de obras, a partir de 1896. De realçar o azulejamento do Coro Baixo da Madre de Deus, que surge como um importante testemunho da preocupação documentalista de Liberato Teles (n. 1843 - m. 1902), responsável pela campanha de obras deste monumento na sequência dos trabalhos iniciados por José Maria Nepomuceno (n. 1836 - m. 1895), cerca de 1872. Liberato Teles demonstrou, através de duas pequenas publicações, uma preocupação em documentar todo o trabalho realizado neste local e assinalar as proveniências de numerosos conjuntos azulejares que para aqui vieram, na sequência de intervenções realizadas em diversos conventos de Lisboa. Assim, sabemos através dele que os azulejos hispano-mouriscos colocados sob as janelas eram provenientes da primitiva igreja e capelas, para além do pavimento do presbitério. Relativamente ao enxaquetado, com o seu trabalho de xadrez em branco e verde, que se encontra em pequenos silhares, lembra que, primitivamente, o claustrim ou claustro primitivo do convento, era assim decorado. O padrão que aqui se encontra a revestir grande parte das paredes é um exemplar de 4x4 azulejos, datável de cerca 1632 a 1650, e que sabemos, de acordo com Liberato Teles provir "dos jardins do antigo mosteiro, corredores e refeitório". Cerca de 1872, durante as obras dirigidas por José Maria Nepomuceno, fez-se a ligação entre este espaço e a nave da Igreja através de um imponente vão e escadaria, alterando desta forma o sentido original de clausura.