La importancia de los santos como modelo de salvación llevó al pintor sevillano a representar a san Francisco en más de cincuenta óleos. En esta magnífica obra intimista el santo de Asís ora suplicante ante el Cristo Seráfico, quien le transfiere los estigmas.
El maestro siguió el programa artístico de la Contrarreforma, expuesto en el Tratado de la pintura sagrada de Federico Borromeo (1625), con el fin de […] crear una mística que sublimara los sentimientos del fiel que contemplaba la obra.
El naturalismo de las pinceladas oscuras en el sayal, la roca, el libro y el cráneo, son aciertos plásticos cuyo carácter simbólico da cuenta del ideal de abandono de lo material –y perecedero– para dedicarse a un enriquecimiento espiritual.
El lienzo que proviene de un conjunto conventual franciscano en Madrid, perteneció al barón Isidor Taylor, agente del rey Luis Felipe, quien la exhibió en el Museo del Louvre durante dos años. Después de la fallida revolución liberal de 1848, la obra fue restaurada y pasó por las prestigiadas colecciones de Thence, Holden White, Thomas Harris y Hamilton. En 1969 George R. Hann la donó al Museo Metropolitano de Arte de Nueva York, quien la exhibió hasta 1989 cuando fue comprada de manera anónima. Desde 2005 la pintura, que formó parte de la Galería española del Museo del Louvre y de la muestra From Goya to Greco en la Galería de Arte Español de Londres, se conserva en Museo Soumaya.