Depuis 2000, un bureau de l’OFAJ est situé à Berlin dans le Palais Schwerin (Molkenmarkt 1). Une nouvelle répartition des services est organisée entre Paris et Berlin. Le site berlinois accueille une trentaine d’agents français et allemands chargés des échanges scolaires et extra-scolaires, de la formation interculturelle, mais aussi de la communication et de la presse, tout comme de l’administration, des finances, de l’informatique. Le Secrétariat général est présent à Paris comme à Berlin.