Depuis 2000, le siège de l’OFAJ est situé au 51 rue de l’Amiral-Mouchez dans le XIIIe arrondissement de Paris. Les différents services sont répartis entre Paris et Berlin. Le site parisien accueille une quarantaine d’agents français et allemands chargés des échanges professionnels et universitaires, de la communication, de la presse, des ressources humaines, de l’administration, des finances, de l’informatique. Le Secrétariat général est présent à Paris comme à Berlin.