Mit dem Freihafen veränderte sich die gesamte Struktur des Hamburger Hafens. Das Gebiet verlagerte sich nicht nur endgültig aus der Altstadt heraus auf das südliche Elbufer, sondern wuchs auch an Fläche schnell über das Gebiet der Hamburger Innenstadt hinaus.
Die traditionelle Verbindung zwischen Speicher, Kontor und Wohnung brach auseinander, denn da die meisten Waren auf dem Freihafengelände umgeschlagen wurden, wurden Kontore und Speicher in der Innenstadt überflüssig.